SMP Negeri 1 Margasari memiliki sejarah panjang dalam dunia pendidikan di Kecamatan Margasari. Sekolah ini pertama kali berdiri pada tahun 1960 dengan nama Sekolah Negeri Margasari. Kemudian, pada tanggal 1 Agustus 1964, namanya berubah menjadi SMP Margasari.
Melalui Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan tertanggal 14 Agustus 1974, sekolah ini resmi berganti nama menjadi SMP Negeri 1 Margasari, dan peresmiannya dilaksanakan pada 14 September 1974.
Setelah melalui perjuangan dan proses pengembangan yang panjang, akhirnya pada tanggal 11 Oktober 2010, SMP Negeri 1 Margasari resmi menyandang status Sekolah Standar Nasional (SSN).
Berdirinya sekolah ini berangkat dari cita-cita luhur untuk membentuk generasi yang berakhlak mulia dengan prestasi prima, serta mampu mengembangkan potensi logika, etika, estetika, dan praktika menuju terbentuknya manusia yang berkualitas.